Для установки сертификата от Let's Encrypt, нужен соответствующий модуль для ISPmanager в разделе Интеграция/Модули. Если он не установлен, нужно его установить:
Существует несколько способов получения сертификата через панель. Рассмотрим оба.
Первый способ: нужно зайти в настройки домена, поставить галочки напротив SSL, в выпадающем меню выбрать «Новый Let's Encrypt сертификат» и нажать ОК: 
В следующем окне можно просто нажать ОК.
После этого запрос на получение сертификата отправлен и нужно будет подождать некоторое время, обычно до 10 минут. Все необходимые настройки панель сделает сама и домен сразу будет доступен по https.
Второй способ: переходим в пункт SSL сертификаты и выбираем установку через модуль Letsencrypt
Вам нужно указать пользователя под которым заведен домен, и сам домен. Название сертификата прописывается автоматически, но можно задать ему и свое имя. По умолчанию выпускается сертификат и для www поле «Доменное имя». Если Вам необходима работа с www убедитесь что домен так же доступен по www:
После установки в пункте «SSL Сертификаты» вы увидите установленный сертификат от LE, данный сертификат действителен 90-дней и будет продлятся автоматически
После установки сертификат сразу будет подключен к домену, вы можете это увидеть в свойствах домена. Если же сертификат автоматически не подключиться, то нужно будет вручную в свойствах домена в поле SSL-сертификат выбрать сертификат который Вы создавали и сохранить.
Также Вы можете сразу указать перенаправление на https автоматически, указав галку на нужный пункт(но мы рекомендуем настраивать редирект когда убедитесь что по https сайт работает без ошибок)
Проверить валидность сертификата можно например онлайн сервисом sslshopper.com
В случае если Ваш сайт будет криво отображаться по протоколу https нужно проверить на наличие ошибки mixed content. Сделать это можно, например нажав в браузере Chrome или Firefox комбинацию клавиш ctrl+c и выбрав пункт console или консоль.
Пример ошибки:
Решение:
Ошибка mixed content, часть ссылок открывается по https://, а часть по http://
Нужно или сделать независимые ссылки чтобы домен был доступеy и по http:// и по https:// или жестко закрепить за https://
Т.е. Вам нужно переделать ссылки http://mydomain.com --> //domain.com или же жестко закрепить из-за https://mydomain.com
Сначала смотрим в админку сайта и правим там http на https если есть такая возможность. Также ссылки могут быть в базе, в конфигурационных файлах движка, плагинов или тем ну и конечно же в кеше. Иногда нужно очистить кеш, чтобы увидеть нужный результат.
Также желательно сообщить поисковым системам о новом адресе, для этого нужно:
- В robots.txt меняем строки Host и Sitemap на новый защищенный протокол https.
- В WEB-мастерской Google добавляем новый сайт с указанным протоколом «https» и заполняем всю необходимую информацию для нового протокола.
- В WEB-мастерской Yandex нужно выбрать Ваш сайт → «индексирование» → «переезд сайта» → поставить галку для «https».
