Добавить сron можно следующим образом:
Вкладка Webmin -> System -> Scheduled Cron Jobs -> Create a new scheduled cron gob.
Заполняем следующие поля:
Execute cron job as: имя пользователя от которого будет выполняется крон, в нашем случае это domain;
Active Command?: тут пишем полный текст задачи (без временных характеристик которые указываются при добавлении задачи через crontab -e);
Выставляем флаг Times and dates selected below;
Указывем интервал выполнения задачи, в данном случае крон будет выполнятся каждую минуту;
Жмем Create.